为进一步加强对“杏林青马工程”的组织领导和工作落实，经学校党委常委会2017年第19次和第20次会议研究，决定成立“杏林青马工程”基地专门机构，为学校教学单位。   

“杏林青马工程”基地机构，主要职责为负责“杏林青马工程”统筹、协调、指导和落实工作；负责“杏林青马工程基地”基层党建工作；负责青马学员管理和青马学会指导工作；负责校内外沟通协调和联络工作；负责相关工作保障；负责宣传和新媒体平台开发和建设。   

“杏林青马工程”基地设主任1人、副主任5人。基地下设办公室，办公室主任1人、秘书2人、组织员7人。同时，结合实际，成立“杏林青马工程”基地党委，下设8个党支部，基地党委书记由学校党委组织部负责同志担任。